Я не думаю, что вам нужно шифрование, если вы не собираетесь писать расширение для браузера, которое может расшифровывать JavaScript.
Я думаю, что GWT, или даже jsmin может достаточно сжать / скрыть ваш JavaScript для нормального использования.
Если вы хотите привязать некоторый код на стороне клиента к вашему сайту, вы можете рассмотреть какое-то случайное рукопожатие, которое зависит от метода на стороне сервера для «проверки» javascript. Я даже не знаю, возможно ли это, хотя.