Я не читал все предыдущие ответы, но у меня также есть та же проблема. Я использую Eclipse 4.1 на Ubuntu 12.10, 64-битной и SSD. Я понял, что эта проблема удаления всегда возникает, когда мой компьютер падает с открытым Eclipse. Мне удалось решить проблему, удалив определенные файлы индекса. Например, мой файл журнала рабочей области (расположенный в /.metadata/.log) был заполнен EOFException, говоря, что некоторые метаданные не могут быть прочитаны, такие как
!ENTRY org.eclipse.ui.ide 4 4 2012-12-13 13:25:35.988
!MESSAGE Problems occurred refreshing the selected resources.
!SUBENTRY 1 org.eclipse.core.resources 4 567 2012-12-13 13:25:35.988
!MESSAGE Could not read metadata for '/home/xyzworkspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/server-test/.indexes/7/9c/properties.index'.
!STACK 0
java.io.EOFException
at java.io.DataInputStream.readByte(DataInputStream.java:250)
at org.eclipse.core.internal.localstore.Bucket.load(Bucket.java:298)
at org.eclipse.core.internal.properties.PropertyBucket.load(PropertyBucket.java:258)
at org.eclipse.core.internal.localstore.Bucket.load(Bucket.java:274)
at org.eclipse.core.internal.localstore.BucketTree.internalAccept(BucketTree.java:98)
at org.eclipse.core.internal.localstore.BucketTree.internalAccept(BucketTree.java:109)
at org.eclipse.core.internal.localstore.BucketTree.internalAccept(BucketTree.java:109)
at org.eclipse.core.internal.localstore.BucketTree.accept(BucketTree.java:76)
at org.eclipse.core.internal.properties.PropertyManager2.deleteProperties(PropertyManager2.java:102)
at org.eclipse.core.internal.properties.PropertyManager2.deleteResource(PropertyManager2.java:111)
at org.eclipse.core.internal.resources.Resource.deleteResource(Resource.java:918)
... here goes the rest of the stack trace...
После удаления этого конкретного индексного файла и перезапуска Eclipse все работало как раньше. Любые отзывы о том, сработало ли предложение, приветствуются.