Еще одна проблема в Visual Studio 2015 с пакетом обновления 3 (SP3), но я столкнулся с похожей проблемой в Visual Studio 2013 несколько лет назад.
Моя проблема заключалась в том, что каким-то образом неправильный файл cpp использовался для предварительно скомпилированных заголовков (поэтому у меня было два файла cpp, которые создавали предварительно скомпилированные заголовки). Теперь, почему Visual Studio изменил флаги на неправильном cpp для «создания предварительно скомпилированных заголовков» без моего запроса, я понятия не имею, но это случилось ... возможно, какой-то плагин или что-то ???
В любом случае, неверный файл cpp включает файл version.h, который изменяется при каждой сборке. Таким образом, Visual Studio перестраивает все заголовки и, следовательно, весь проект.
Что ж, теперь это нормальное поведение.