Примитивный:
String msg = "Please go to http://stackoverflow.com";
String withURL = msg.replaceAll("(?:https?|ftps?)://[\\w/%.-]+", "<a href='$0'>$0</a>");
System.out.println(withURL);
Это требует уточнения, чтобы соответствовать правильным URL-адресам, и в частности параметрам GET (? Foo = bar & x = 25)