HttpContext.Current.Server.MapPath("~/")
достанет ли вам рут приложения?
Что вполне вероятно, поскольку вы, вероятно, знаете путь оттуда.
Еще один вариант, который может быть интересен:
HttpContext.Current.Server.MapPath("/Directory/")
Это сборка из корня приложения, несмотря ни на что.
Без первой косой черты в качестве начала будет взят каталог, откуда вы звоните:
HttpContext.Current.Server.MapPath("Directory/")