Не уверен, что это поможет, но вы можете попробовать: сделать это программно, а не вручную.
Исходное сообщение: Центр разработчиков Windows (через обсужденияweb.com )
"Скопируйте файл WiRunSQL.vbs в каталог вашего проекта. Теперь в Visual Studio 2005 выберите проект установки в обозревателе решений. Выберите его свойства. В окне свойств добавьте следующий скрипт в свойство PostBuildEvent.
cscript //nologo "$(ProjectDir)WiRunSql.vbs" "$(BuiltOuputPath)" "INSERT INTO Property(Property, Value) VALUES ('DISABLEADVTSHORTCUTS', '1')"
Этот сценарий будет автоматически запускаться после создания проекта и будет вставлять истинное значение DISABLEADVTSHORTCUTS в таблицу свойств приложения MSI. "
Если вы не знаете, где найти файл WiRunSQL.vbs, я получил его со следующего сайта: svn.nuxeo.org