Если вы хотите выйти из JVM вместе с основным приложением, воспользуйтесь предложением Fortega (возможно, это лучший способ сделать это)!
Существует также другой подход, если вы не хотите создавать новые процессы: вы можете запускать все в отдельном потоке, а также в «основном приложении». Это не приведет к выходу из виртуальной машины Java, и потоки будут работать до тех пор, пока они не будут завершены (кроме случаев, когда вы настроите их как потоки Daemon).