В принятом ответе уже упоминается свойство ADDLOCAL, но, похоже, подразумевается, что вы можете выбрать только одну функцию. Вы можете выбрать несколько функций, разделив их запятыми, например:
msiexec /i install.msi ADDLOCAL=Feature1,Feature2
или
msiexec /i install.msi ADDLOCAL=Feature2,Feature3
Еще один совет: вы можете узнать названия этих функций, открыв msi с помощью orca . Это очень полезно, когда вы хотите использовать эти приемы для создания загрузчика, который устанавливает определенные функции сторонних MSI-пакетов.