Нужно поразрядно - и это с маской. Например, введенный бит - это бит 4. Это двоичный код 00010000, шестнадцатеричный 0x10. Таким образом, вы поразрядно - и это с 0x10, и посмотрите, осталось ли что-нибудь:
bool isInjected = ((kbd.flags & 0x10) != 0);
(Конечно, согласно ответу Эндрю, было бы неплохо определить для этого константу LLKHF_INJECTED, а не включать шестнадцатеричное значение непосредственно в код!)