У меня была такая же проблема.
мой подход: хранение данных проекта в каталоге, управляемом owncloud
Project X создается на рабочей станции A с пользовательским путем, указывающим на новый подкаталог моей иерархии ownCloud. Рабочая область по умолчанию все еще находится в файловой системе A.
Когда я сижу на рабочей станции B, я открываю локальное рабочее пространство по умолчанию (локальное на B) и создаю новый проект с использованием существующих источников в «синхронизированном» каталоге ownCloud.
Просто нажмите «Обновить» каждый раз, когда вы запускаете затмение и у вас есть данные текущего проекта. Синхронизация выполняется в фоновом режиме автоматически, поэтому будьте осторожны, когда закончите работу, чтобы закрыть затмение и дать возможность ownCloud загружать новые файлы на сервер ownCloud.
Tomcat или другие серверы работают локально, конфигурация копируется вручную между компьютерами через scp. Это происходит, только если есть изменения в настройке сервера, что не очень часто.
У меня не было проблем с совместимостью при использовании NEON 2 (arch linux) и NEON 3 (скачать программу на Debian Stretch) с различными JDK.
С наилучшими пожеланиями
Armin