Я видел такое поведение, когда я изменил JBoss для запуска через SSL на порту 8443 вместо незашифрованного на порту 8080. Я полагаю, что плагин Eclipse проверяет порт 8080, чтобы подтвердить, что JBoss запущен, и что эта проверка жестко задана и не учитывает изменения, которые вы вносите в конфигурацию, чтобы указать, что сервер работает на другом порту.
Наш обходной путь - запустить JBoss из выпадающего меню отладки, которое, по-видимому, отключает тайм-аут.