Я использовал как cvs, так и svn, для отличного эффекта, для домашних проектов. Лично мне кажется, что вначале svn немного сложнее настроить - определение структуры каталогов и использование этих URL-адресов для всего, кажется, доставляют больше хлопот, чем следовало бы. Хотя svn, как правило, все шире используется в отрасли, если у вас нет проблем с cvs, я бы слишком беспокоился о различиях. Понятия, связанные с контролем источников (которые в основном перекрываются между собой), более важны.