Вы можете обнаружить, что это, вероятно, вызвано использованием Maven для сборки (Maven обычно встраивается в папку 'target'), но Eclipse использует другую папку сборки для своего собственного процесса сборки. Самый простой способ - зайти в целевую папку в вашем проекте Eclipse (или в Bundle, если используется OSGi) и удалить конфликтующие подпапки / файлы классов из этого каталога; для меня это моя «целевая» папка. Затем заставьте Eclipse перестроить, и все должно быть в порядке.
Технически, или в качестве альтернативы, вы можете просто сдуть всю папку build / target, если хотите, и позволить Eclipse пересобрать все.