В зависимости от базы данных доступные инструменты могут различаться.
Для этого я использую ER / Studio Embarcadero. Он имеет функцию сравнения и слияния.
Есть множество других, таких как Toad for MySQL, которые также могут сравнивать. Также согласитесь с предложением Red-Gate, но никогда не использовали его для MySQL.