С максимум 1000 записями, содержащими только столбцы имени и возраста, я сомневаюсь, что между вашими опциями есть какая-то существенная разница в скорости; скорее всего, другие факторы, такие как нагрузка на сервер, будут влиять на вашу скорость.
Для легкого и надежного доступа MySQL может быть немного проще, но с текстовым файлом вам не нужно настраивать сервер MySQL.
У меня такое ощущение, что у нас недостаточно информации, чтобы дать вам грамотный ответ.