создайте список исключений, используйте fnmatch, чтобы пропустить структуру каталогов и выполните процесс
excludes= ['a\*\b', 'c\d\e']
for root, directories, files in os.walk('Start_Folder'):
if not any(fnmatch.fnmatch(nf_root, pattern) for pattern in excludes):
for root, directories, files in os.walk(nf_root):
....
do the process
....
То же, что и для «include»:
if **any**(fnmatch.fnmatch(nf_root, pattern) for pattern in **includes**):