Самые неприятные проблемы, с которыми я недавно столкнулся 1 с переносом кода, были с Eclipse на OSX. Проблема была с миграцией Java5 → 6 и была связана с тем, что в OSX сборка Java5 по умолчанию была 32-битной, а единственная сборка Java6 была 64-битной. Это вызвало много проблем, потому что SWT (на котором построен Eclipse) использует собственный код.
Другая вещь, о которой я знаю, это путаница, с которой вы можете столкнуться с различными библиотеками, которые поддерживают веб-сервисы, но обычно я обнаружил исправление, которое заключается в обновлении до Java6 и использовании системных библиотек, где это возможно. Это область, где Java6 был значительно лучше, чем 5.
1 Чтобы быть справедливым, это было некоторое время назад, и более новые сборки Eclipse поставляются с необходимыми встроенными обходными путями.