В общем: используйте os.chdir, чтобы изменить каталог родительского процесса, затем os.system, чтобы запустить файл jar. Если вам нужно, чтобы рабочий каталог Python оставался стабильным, вам нужно вернуть chdir в исходный рабочий каталог - вам нужно записать это с помощью os.getcwd ().
В Unix: создайте дочерний процесс явно с помощью os.fork. У родителя дождитесь ребенка с os.waitpid. У ребенка используйте os.chdir, затем os.exec для запуска java.