Я думаю, что это делает работу:
gnome-session-save --logout
Кроме того, взгляните на вывод --help, возможно, вы захотите использовать опцию --force-logout.
Usage:
gnome-session-save [OPTION...]
Help Options:
-h, --help Show help options
--help-all Show all help options
--help-gtk Show GTK+ Options
Application Options:
--logout Log out
--force-logout Log out, ignoring any existing inhibitors
--logout-dialog Show logout dialog
--shutdown-dialog Show shutdown dialog
--gui Use dialog boxes for errors
--display=DISPLAY X display to use