На это есть более одного ответа.Вы можете использовать GNU make (опционально с autotools ), ant , maven , CMake или Scons , среди многих.После того как базовая сборка заработает, вы можете упаковать вашу программу в файлы .deb и / или .rpm, чтобы ее можно было легко установить для пользователей основных дистрибутивов GNU / Linux (например, Debian и Red Hat).
Вы должны провести некоторое исследование, а затем вернуться, если у вас есть более конкретные вопросы.