Во-первых, вам нужно изменить файл web.config, в котором находится ваш виртуальный каталог SharePoint. Это потому, что вам нужно добавить записи SafeControl, чтобы доверять сборке log4net. Вы можете обновить файл web.config программным способом, используя класс SPWebConfigModification в приемнике объектов. Так как вам все равно нужно изменить web.config, вы можете рассмотреть возможность включения вашей конфигурации log4net внутри, а не настраивать внешнюю конфигурацию log4net.
Однако, если вы все еще хотите это сделать, это может сработать, если добавить в файл web.config следующее:
<configuration ...>
...
<configSections>
<section name="log4net" type="log4net.Config.Log4NetConfigurationSectionHandler,log4net" />
</configSections>
<log4net configSource="log4Net.config">
...
</configuration>
Файл log4net.config должен быть в состоянии жить рядом с вашим web.config. Как говорит Нат, вы можете развернуть этот файл как пакет решения.
Если вы пытаетесь запустить минимальное доверие, вам необходимо обновить файл безопасности доступа к коду, чтобы включить также сборки log4net. Весь ваш пользовательский код SharePoint должен автоматически использовать конфигурацию log4net.