Прежде всего, ваш вопрос не содержит вопроса. Что ты хочешь знать?
Полагаю, вы использовали JNI для преобразования c-dom в java-dom. Я не знаю, есть ли официальные цифры, но по моему опыту, c + JNI часто работает медленнее, чем напрямую в java.
Если вы действительно хотите ускорить свою обработку, попытайтесь избавиться от DOM (зачем вам это нужно? Может быть, мы сможем вместе найти решение). Если все XML-файлы имеют одинаковую схему, используйте собственную специализированную модель данных (и анализатор SAX).
Если вы используете только подмножество xml (то есть без пространств имен, только несколько атрибутов), подумайте о написании собственного синтаксического анализатора, который напрямую создает более эффективные объекты Java (но я бы не рекомендовал этого).