Я бы конвертировал файлы программно (вне VS), например используя скрипт Python:
import glob, codecs
for f in glob.glob("*.py"):
data = open("f", "rb").read()
if data.startswith(codecs.BOM_UTF8):
# Already UTF-8
continue
# else assume ANSI code page
data = data.decode("mbcs")
data = codecs.BOM_UTF8 + data.encode("utf-8")
open("f", "wb").write(data)
При этом предполагается, что все файлы, не входящие в «UTF-8 с подписью», находятся на кодовой странице ANSI - это то же самое, что, по-видимому, предполагает и VS 2008. Если вы знаете, что некоторые файлы имеют разные кодировки, вам придется указать, что это за кодировки.