Если вы используете TFS онлайн (облачная версия) и хотите преобразовать App.Config в проект, вы можете сделать следующее без установки каких-либо дополнительных инструментов.Из VS => Выгрузить проект => Редактировать файл проекта => Перейти в конец файла и добавить следующее:
<UsingTask TaskName="TransformXml" AssemblyFile="$(MSBuildExtensionsPath)\Microsoft\VisualStudio\v$(VisualStudioVersion)\Web\Microsoft.Web.Publishing.Tasks.dll" />
<Target Name="AfterBuild" Condition="Exists('App.$(Configuration).config')">
<TransformXml Source="App.config" Transform="App.$(Configuration).config" Destination="$(OutDir)\$(AssemblyName).dll.config" />
AssemblyFile и Destination работают для локального использования и TFS онлайн (Облачный) сервер.