Обновление: из комментариев ниже видно, что проблема для спрашивающего заключалась в более поздней версии git-gui / msysGit. Однако при попытке воспроизвести проблему возникла еще пара проблем, описанных ниже.
Я думаю, что мне удалось воспроизвести это: проблема, кажется, в том, что у меня был установлен флажок «Использовать TextConv для разногласий и обвинений» в диалоге Edit > Options...
в Git Gui. Когда я отключил эту опцию , она работала нормально - на мой взгляд, нелогично, хотя это также описано на странице TextConv в git wiki .
Другая проблема, с которой я столкнулся, заключалась в том, что конвертер, с которым я тестировал (строки), не был на моем пути, поэтому мне пришлось указать полный путь в моем .gitconfig:
[diff "stringify"]
textconv = c:/cygwin/bin/strings.exe
Однако, если бы это было проблемой для вас, я не думаю, что вы вообще увидели бы сообщение «Двоичные файлы A и B отличаются», поэтому я подозреваю, что проблема возникла в первом случае.