Загрузочный сектор дискеты был первым сектором. Если вы говорите о необработанном образе дискеты (1440 КБ), это должны быть первые 512 байт файла образа.
Из памяти это загружается BIOS в 7c00: 0000 (реальный режим) и затем переходит на этот адрес.
На загрузочных дискетах DOS имеется 3-байтовая JMP
инструкция для перехода через блок параметров диска (DPB), в котором подробно описываются атрибуты диска. Но если вы полностью контролируете диск и загрузочный код, я не думаю, что вам нужно следовать этому соглашению. Я не помню, чтобы BIOS проверял, что было загружено на валидность (хотя по общему признанию это было давно назад).