Что делает вашу текущую оболочку запускающей bash, так это то, что ваша текущая оболочка (bash?) Понятия не имеет, что делать с файлом file.js. Вот почему боги Unix изобрели шебанг для:
Последовательность символов, состоящая из знака числа символов и восклицательного знака (#!), Когда она встречается в качестве первых двух символов в первой строке текстового файла. В этом случае загрузчик программ в Unix-подобных операционных системах анализирует оставшуюся часть первой строки как директиву интерпретатора и вызывает программу, указанную после последовательности символов, с любыми параметрами командной строки, указанными в качестве параметров.
Итак, в вашем случае я бы попытался поставить
#!/usr/bin/env node
вверху скрипта. Вы можете видеть, что beeing применяется, например, в оболочке 'inode' (interactive node.js), которая может быть еще одним вариантом запуска ваших сценариев.
https://github.com/bancek/node-interactive-shell/blob/master/inode.js