Вы могли бы иметь более одного контроллера на модель, что было бы так, как я поступил бы, если бы не было общего между двумя подприложениями, хотя, если количество задействованных моделей является значительным, это могло бы привести ко множеству файлов контроллера. 1001 *
С другой стороны, если количество методов относительно ограничено, я бы добавил префикс имен методов и сгруппировал их вместе в одном контроллере. Я обычно делаю это с помощью методов ajax.
Самое главное - чувствовать себя комфортно, как бы вы это ни делали - вы, вероятно, будете тем, кто его поддерживает!