Откройте представление отладки для вашей перспективы ( Alt + Shift + Q , Q -> найти отладку). После запуска приложения используйте CTRL + F7 ( Command + F7 на Mac), чтобы переключиться в режим отладки, нажмите клавишу вниз, чтобы выделите запущенное приложение и активируйте ярлык для завершения
Ссылаясь на этот ответ, я не думаю, что он работает постоянно, потому что в зависимости от того, что было выполнено, eclipse может не зарегистрировать команду 'terminate' как доступную.
Например, когда я запускаю свой проект с помощью maven (плагин m2e), кнопка «Завершить» в представлении консоли доступна, но не в меню. Смотрите скриншот ниже (я использовал Springsource Tools Suite 2.9.2, основанный на eclipse indigo и m2e 1.0.200)

Это потому, что запущенное приложение не выбрано по умолчанию в представлении отладки.
Эта проблема обсуждается в ветке форума eclipse здесь.