Первое, что нужно сделать, это деактивировать Super Cache, переключиться на постоянные ссылки по умолчанию, вручную очистить .htaccess, затем сбросить постоянные ссылки и разрешить WP писать в .htaccess.
Убедитесь, что вы не используете какие-либо плагины, такие как перенаправлениеэто будет автоматически исправлять ссылки или другие, которые избавляются от базы категорий.
Два вхождения блока перезаписи WP не имеют значения, как указано, потому что WP всегда подчиняется последнему и Super Cacheдолжно быть над ним.