Обязательно закройте файл, а также все, что с ним связано, во время обработки.
(поскольку вы решили не показывать нам код, мы на самом деле не знаем, что было создано во время обработки.)
Ищите такие вещи, как MemoryStreams, файлы MemoryMapped, изображения с файлами, дескрипторы файлов, хранящиеся в контейнере или IEnumerable, и т. Д.
У вас есть правильная идея, убедившись, что вы явно .Close()
знаете ссылки и избавляетесь от объектов, но что-то все еще удерживает файл.