В общем, вы не можете; Вы должны написать весь файл снова (по крайней мере, с момента изменения до конца).
В некоторых конкретных случаях вы можете добиться большего успеха, чем это -
если все ваши элементы данных имеют одинаковую длину и не в определенном порядке, и вы знаете смещение того, от которого вы хотите избавиться, вы можете скопировать последний элемент поверх того, который нужно удалить, и обрезать файл перед последний пункт;
или вы можете просто перезаписать блок данных значением «это плохие данные, пропустить его» или оставить флажок «этот элемент был удален» в ваших сохраненных элементах данных, чтобы вы могли пометить его как удаленный, без изменения файл.
Вероятно, это излишне для коротких документов (что-нибудь до 100 КБ?).