Использовать версию git> = 1.6
Git раньше относился к символическим ссылкам так же, как к обычным файлам, но более новые версии git (> = 1.6) проверяют, находится ли файл за символической ссылкой, и выдает фатальную ошибку.
например:.
# git init
# mkdir newdir
# touch newdir/foo
# git add newdir/foo
# git commit -m 'add foo'
# mv newdir /tmp/
# ln -s /tmp/newdir
# touch newdir/bar
# git add newdir/bar
fatal: 'newdir/bar' is beyond a symbolic link
# git add/tmp/newdir
fatal: '/tmp/newdir' is outside repository
# git --version
git version 1.7.3.4