С помощью плагина checkstyle хитрость заключается в том, чтобы объявить ваш отдельный JAR как зависимость плагина (это также работает для PMD).
К сожалению, это не сработает для плагина FindBugs, так как кажется, что он ищет фильтры в файловой системе, а не в пути к классам.
Я бы связал выполнение зависимости : распакуйте с фазой pre-site
, чтобы получить отдельный JAR из хранилища и распаковать его в target
, а затем обратиться к файлу фильтров. с относительным путем в конфигурации плагина FindBugs.