Я также наткнулся на эту проблему и пытался искать быстрые решения, пробовал некоторые решения, приведенные в этой теме.
Вот как я решил эту проблему в своей среде разработки (для меня это было минимальное изменение):
1 - локально удаленный каталог, в котором файл был поврежден (WEB-INF):
svn: Checksum mismatch for 'path-to-folder\WEB-INF\web.xml':
expected: d60cb051162e4a6790a3ea0c9ddfb434
actual: 16885ded2cbc1adc250e4cbbc1427546
2 - скопированный и вставленный каталог (WEB-INF) из новой кассы
3 - svn up, теперь Eclipse / TortoiseSVN начал показывать конфликт в этом каталоге
4- Помечен конфликт как разрешенный
Это сработало, я смог обновить, зафиксировать ранее поврежденный web.xml