Я переместил свой веб-сайт в проект веб-приложений и столкнулся с такими же проблемами. Я воспользовался подходом, упомянутым в первом ответе, и в итоге смог собрать проект.
Я хотел бы добавить немного больше деталей к первому ответу.
Чтобы быть явным: я сначала удалил все файлы, связанные с файлом xsd, кроме самого файла xsd (xss, xsc, cs, ...). Затем я щелкнул правой кнопкой мыши по файлу xsd, выбрав «View Designer», затем «View Code», а затем «Run Custom Tool». Все файлы были перегенерированы и ссылки скомпилированы.