Я также столкнулся с той же проблемой в iPhone: прокрутка с помощью прокрутки корректно генерирует событие onscroll, но панорамирование одним пальцем - нет (я использовал это в своей фиксированной реализации меню, где меню скрывается после события ontouchstart и восстанавливается после OnScroll).
Я решил проблему, используя два параллельных события: onscroll и ontouchend. Теперь они оба ссылаются на один и тот же обработчик событий (который восстанавливает меню). Поскольку во время прокрутки события подавляются, событие ontouchend не запускается, если окно продолжает прокручивание с прокруткой. Теперь обработка событий работает как для прокрутки, так и для панорамирования.
Я не проверял это на iPad, мне было бы интересно узнать, поможет ли это исправление и в этом.