Я использую VS 2012 (для БД на MSSQL Server 2008). В базе данных сравнения есть возможность сохранить ее, сравнение и параметры. Это, по сути, ваши настройки для доставки. После этого вы можете обновить или сгенерировать скрипт.
Мне просто немного неудобно загружать его из файла позже (перетаскивание из проводника Windows), поскольку я не вижу файл в обозревателе решений.