Sql-сервер - это ничто иное, как служба Windows. Под владельцем экземпляра, возможно, вы имеете в виду учетную запись, под которой запущена служба сервера ms sql? Если это так, управляйте компьютером, службами, выберите службу с соответствующим экземпляром, задайте имя для входа и пароль.
Ваши .Net приложения -> зависят от того, «как» они настроены сейчас. Если они находятся в одном окне и используют что-то вроде (local), ничего менять не нужно. Если они были настроены на указание имени компьютера, такого как machine.old_domain.com, то просто измените их на machine.new_domain.com. Если они настроены на указание на машину, а имя машины не изменилось, никаких изменений конфигурации не требуется.
Это только стартовые ответы. У меня никогда не было такого со мной. Удачи, мой друг.