Что я думаю, что вы недостаточно слышали, в ответах до сих пор, что это действительно два разных инструмента с двумя разными целями. Утилита Cake bake для командной строки не создаст ваше приложение. Это создаст строительные леса для частей приложения, которые вы определяете. Это отличная отправная точка, но это все, что есть.
Вы будете использовать свою IDE для уточнения битов, которые делают ваше приложение, ну, в общем, приложение.
Оба инструмента очень и очень полезны, поэтому на самом деле это не тот или иной вид ответа. Хотя для начала мне нравится использовать инструмент bake, на самом деле не так много папок, которые нужно создавать, если вы выбрали путь IDE. Когда вы добавляете базу кода Cake, большинство этих вещей - даже биты, ориентированные на приложения - ждут, чтобы вы их заполнили.
Я редко использую bake для создания представлений, и как только я испечу одну или две модели, я буду часто создавать другие с нуля в своем текстовом редакторе. Там нет "правильный" путь; просто поймите, что каждый из них дает вам, и используйте тот, который лучше всего подходит для вашего рабочего процесса в данный момент времени.