Если вы хотите удалить проект из GitHub, откройте ваш проект, перейдите на вкладку «Администратор» (или перейдите непосредственно к https://github.com/username/project_name/edit) и в нижней части страницы нажмите «Удалить этот репозиторий»). Он попросит вас подтвердить это, а затем он уйдет.
Если вы просто хотите стереть часть своего хранилища, вам нужно сделать это в своем хранилище git и отправить его в GitHub.
GitHub написал инструкцию по этому поводу в своем FAQ. Я сам этого не пробовал, поэтому я не могу вести вас дальше, но вы, вероятно, можете сами справиться с этим здесь.
В любом случае, это, естественно, не удаляет какие-либо сторонние извлечения - если кто-то извлек хранили хранилище до того, как вы его удалили, он исчезнет, и вы не сможете ничего с этим поделать (кроме как попробовать пожалуйста "-ТЕХНИКА).