Если я сделаю две пользовательских публикации, как я могу получить доступ к данным пользовательской таксономии в моих файлах шаблонов Wordpress?
Ваш вопрос немного сложен для понимания, но прочитайте это:
http://codex.wordpress.org/Taxonomies#Custom_Taxonomies
Если после этого у вас возникнут вопросы, отправьте их сюда.
Эта функция, вероятно, поможет вам больше всего:
Справочник по функциям / the_terms ()