В Windows вам нужно звонить через cmd.exe. Как упомянул Апалала, команды Windows реализованы в cmd.exe, а не в виде отдельных исполняемых файлов.
например.
subprocess.call(['cmd', '/c', 'dir'])
/ c сообщает cmd выполнить следующую команду
Это безопаснее, чем при использовании shell = True, который допускает инъекции оболочки.