Решение map(sum,zip(*my_list))
- самое быстрое.
Однако, если вам нужно сохранить список, [x + y for x, y in zip(*my_list)]
- самый быстрый.
Тест проводился в Python 3.1.2 64 бит.
>>> import timeit
>>> my_list = [[1, 2, 3, 4], [2, 4, 5, 6]]
>>> t1 = lambda: [sum(x) for x in zip(*my_list)]
>>> timeit.timeit(t1)
2.5090877081503606
>>> t2 = lambda: map(sum,zip(*my_list))
>>> timeit.timeit(t2)
0.9024796603792709
>>> t3 = lambda: list(map(sum,zip(*my_list)))
>>> timeit.timeit(t3)
3.4918002495520284
>>> t4 = lambda: [x + y for x, y in zip(*my_list)]
>>> timeit.timeit(t4)
1.7795929868792655