Если ваш класс БД построен для подключения только к одной базе данных, у вас будут проблемы, когда у вас есть скрипт, который должен соединиться с двумя двумя отдельными базами данных. Однако вы можете создать класс синглтона для приема нескольких конфигураций сервера, а затем управлять ими в пределах синглтона.
В противном случае, проектирование класса базы данных как одиночного является практикой, которая имеет большой смысл, поскольку вы можете поддерживать жесткий контроль над тем, сколько соединений устанавливает скрипт в любой момент времени.