Вам необходимо определить, от каких рисков вы хотите защитить себя и пользователя. Хотя формат AppNote для ZIP в PKWare определяет цифровую подпись как часть этого формата, я сомневаюсь, что существует множество расстегивающих молний, которые должным образом поддерживают проверку цифровых подписей в файлах ZIP.
Если вы беспокоитесь, что содержимое файла может быть изменено посередине, у вас есть следующие опции:
1) HTTPS, как указано выше
2) PGP-подписанный пакет. Вы можете либо создать отдельную подпись для существующего ZIP-архива, которую вы распространяете, и поместить подпись рядом со ссылкой для загрузки, либо, если вы ориентируетесь на Windows, создать самораспаковывающийся архив PGP. Формат PGP также включает сжатие. В обоих случаях вам нужно будет поместить ваш открытый ключ PGP на ваш сайт. Но учтите, что люди, которые изменят файл, смогут изменить и открытый ключ, если вы распространите его таким образом.