Другим источником проблемы с сопоставлениями является mysql.proc
таблица. Проверьте подборки ваших процедур хранения и функций:
SELECT
p.db, p.db_collation, p.type, COUNT(*) cnt
FROM mysql.proc p
GROUP BY p.db, p.db_collation, p.type;
Также обратите внимание на столбцы mysql.proc.collation_connection
и mysql.proc.character_set_client
.