Если вы оставите ссылки на проекты в, MSBUILD скопирует все ссылки на проекты в виде библиотек DLL в каталог bin целевого веб-сайта, даже если вы установили эти библиотеки DLL в GAC, поэтому я предполагаю, что вы хотите изменить это в уровень выпуска - чтобы можно было сэкономить место.
Я также предполагаю, что вы собираетесь делать это только в Ветке релизов, а не в ветке разработки вашего контроля версий. Потому что, если вы делаете это во всех ветвях управления исходным кодом, то выполнение вручную - лучший и самый быстрый способ сделать это для разовых изменений.
Чтобы сделать это в MSBUILD, вам нужно создать пользовательское задание, которое может изменить файл проекта. Файл проекта представляет собой файл XML, поэтому вы можете использовать XPath в качестве своей пользовательской задачи в MSBUILD. В файле проекта вы найдете теги "" для проектов, на которые вы ссылаетесь. Вам нужно будет поменять их на теги "". Используйте существующие примеры тега в вашем проекте, чтобы увидеть, как он должен выглядеть
Извините, у меня нет примера кода для этого - сделать это таким образом будет непростым делом, так как нужно будет принять во внимание ряд вещей, и в конечном итоге это может оказаться невозможным.