Вроде файл
C:\Users\%USER%\AppData\LocalLow\Sun\Java\Deployment\deployment.properties
где хранятся аргументы командной строки.
Добавление test123
в аргументы командной строки изменяет файл следующим образом:
deployment.javaws.jre.1.location=http\://java.sun.com/products/autodl/j2se
deployment.javaws.jre.1.args=test123
deployment.javaws.jre.1.enabled=true
deployment.javaws.jre.1.registered=true
deployment.javaws.jre.1.product=1.6.0_22
deployment.javaws.jre.1.path=C\:\\Program Files\\Java\\jre6\\bin\\javaw.exe
deployment.javaws.jre.1.osarch=amd64
deployment.javaws.jre.1.osname=Windows
deployment.javaws.jre.1.platform=1.6
По крайней мере, я могу вручную отредактировать файл, и изменения отобразятся на панели управления Java.
Документацию к файлу можно найти здесь .