Вот пара решений, которые работают:
1) Удаление одной из проблемных DLL из установочного проекта, а затем повторное добавление только той, которая решила проблему для меня. Это работало, даже когда было много DLL с проблемой. Удаление и добавление только одного из них вызвало VS2010, чтобы как-то исправить их.
2) Перестройте решение, затем попробуйте обновить зависимости снова. Перестройка помогает Visual Studio выяснить, что это за зависимости, потому что может возникнуть проблема с поиском зависимостей без создания.
3) Перезапустите Visual Studio
Исправление VS2010, указанное выше, не работает для меня. Иногда перезапуск VS2010 решит проблему, а когда это не сработает, выполнение вышеуказанных работ.